Dans le pays d'Amestris, pays où l'Alchimie est élevée au rang de science universelle, deux frères, Edward et Alphonse Elric parcourent le monde à la recherche de la légendaire pierre philosophale dans le but de retrouver leurs corps perdus. Leur père, Van Hohenheim, les a quittés il y a de cela des années, et leur mère Trisha Elric meurt quelques années plus tard d'une maladie, laissant ses deux jeunes enfants derrière elle. Un an plus tard, les deux frères tentaient de la faire revenir grâce à l'alchimie, bravant la loi qui interdit formellement la transmut...