Un puissant séisme a ravagé la partie continentale du Japon et a détruit en grande partie Tokyo, provoquant l'immersion des trois quarts de la ville dans l'océan. Dix ans plus tard, l'histoire se centre sur Ganta Igarashi, un étudiant apparemment ordinaire qui fréquente le collège de la préfecture de Nagano. Bien que survivant du tremblement de terre, Ganta n'a aucun souvenir de la tragéd...