Trois ans après les évènements du premiers Battle Royale, Shuya est devenu, un terroriste internationale. Décider a supprimer cette menace grandissante, le gouvernement envoie un classe de 42 élèves sur l'ile ou s'est réfugié la troupe de mercenaire dirigé par Shuya. Parmi eux, se trouve, Shiori Kitano, la fille de son ancien professeur...