Le manga met en scène Yûgi Muto, un jeune lycéen timide et expert en jeux de cartes. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé...