Le manga met en scène Yûgi Muto, un jeune lycéen timide et expert en jeux de cartes. Un jour, il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle du Millénium. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet objet antique, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler. À cet instant est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, qui viendra habiter le corps de Yûgi. C'est un être sûr de lui et ne reculant jamais devant rien. Cependant, peu de gens sont au...