Milieu du dix-neuvième siècle au Japon. Une femme meurt emportée par l'épidémie de choléra qui ravage le pays, elle laisse deux jeunes enfants livrés à eux-mêmes : Shotaro, 14 ans et Gentaro, 10 ans. Suivant les dernières recommandations de leur mère, ils savent que pour survivre, ils devront devenir forts car les faibles sont voués à mourir. Ils se mettent alors en quête d'un maîtr...